Les principales zones d'un extrudeur sont le bloc de chauffe et la zone de dissipation, bien que celles-ci soient formées à leur tour de différentes parties. Pour comprendre le fonctionnement basique du processus d'extrusion des filaments dans les imprimantes 3D, il est fondamental de comprendre la fonctionnalité des deux zones. Le filament entre en premier lieu dans la zone froide de l'extrudeur (zone de dissipation thermique), puis il passe par le hotend, se ramollit et finit par sortir de la buse ou nozzle en se durcissant.

La zone de dissipation est très importante dans l'extrudeur car c'est elle qui apporte la chaleur au filament qui vient de la zone de chauffe. Au cas où la chaleur ne se dissipe pas correctement dans cette zone, le filament chaufferait trop et se ramollirait trop en empêchant l'avancée correcte de ce dernier dans la zone de dissipation de l'extrudeur (à cause de la dilatation et de la perte de consistance), ce qui finirait par générer une boule de plastique qui provoquerait un bourrage à l'intérieur de l'extrudeuse. Il faut tenir en compte que normalement la zone la plus conflictuelle est l'endroit où se rejoignent les deux zones, à la fin du tube de téflon PTFE. Pour favoriser le refroidissement de la zone de dissipation de chaleur, il est habituel de placer un ou deux ventilateurs sur l'extrudeuse.

Autre sujet important à prendre en compte en ce qui concerne le soin à prendre de l'extrudeur de l'imprimante 3D: il faut imprimer les filaments aux températures correctes, car au cas où l'impression se ferait à température faible, le filament pourrait rester coincé à l'intérieur de l'extrudeur en bouchant donc le passage de ce dernier, et en imprimant à trop haute température, certaines particules du plastique pourraient être détruites ce qui provoquerait une obstruction partielle de l'intérieur de l'extrudeuse. Ces particules dures et carbonisées ne pourront jamais être extraites de l'extrudeur car l'unique alternative est d'utiliser un filament de nettoyage élaboré spécifiquement pour avoir la viscosité nécessaire et la stabilité thermique adéquat pour pouvoir agripper toutes ces particules en laissant l'intérieur de l'extrudeur totalement propre.

L'importance d'assurer un flux lisse et continu du filament dans l'extrudeur, en plus d'étendre la propre vie de l'extrudeur assurera également une meilleure qualité d'impression.